FETÖ/PDY soruşturması kapsamında üniversitedeki odasında yapılan aramada, Fethullah Gülen'in 'Asrın getirdiği tereddütler 4' kitabı bulunan Doç. Dr. Badem, gözaltına alınmıştı. Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şubesi'nde sorgusu tamamlanan Doç. Dr. Candan Badem, adli kontrol şartıyla serbest bırakılmıştı.
Munzur Üniversitesi'nde Tarih Bölümü Başkanı iken, FETÖ/PDY soruşturması kapsamında gözaltına alındıktan sonra serbest bırakılan, daha sonra 3 ay geçici olarak görevden uzaklaştırılan Doç. Dr. Candan Badem'in Kanun Hükmündeki Kararname ile üniversitedeki görevine son verildi.
